Esta Universidad tiene como antecedente el "Centro Universitario Jagua", fundado en 1956 bajo el auspicio de la Universidad Masónica José Martí, y que resultara clausurada por el gobierno revolucionario en diciembre de 1961.

Su aparición soluciona algunos problemas a los estudiantes de la zona centro de la Isla, que anteriormente debían cursar estudios en otras universidades cubanas o del exterior.

En 1998 recibe el nombre de “Carlos Rafael Rodríguez”, una personalidad central del gobierno revolucionario cubano de la segunda mitad del siglo XX.

Como parte de la universalización de la educación superior, a partir del año 2003, se crean ocho sedes universitarias, una en cada municipio, en las que se abrieron nuevas carreras de diferentes perfiles, con énfasis en las humanidades, la economía y las carreras agropecuarias.

En el año 2010, como parte del fortalecimiento de la estructura universitaria, se aprueba oficialmente un redimensionamiento de las estructuras y se crea la Facultad de Ciencias Agrarias, lo cual respondió a la prioridad de la problemática agropecuaria del país.

Desde el año 2013, el Ministerio de Educación Superior convocó al país a la integración de las Universidades de diferentes perfiles en cada territorio. De tal manera se incorporan a la comunidad universitaria de la UCf las anteriores Facultades de Cultura Física (octubre 2014), y la Universidad de Ciencias Pedagógicas Conrado Benítez (septiembre 2015).

La casa de altos estudios asumiría entonces la designación de Universidad de Cienfuegos para referirse a ella de manera general. A inicios del año 2019 se dio a conocer por el MES el nombre, siglas y fecha de fundación de la Universidad de Cienfuegos, manteniendo el nombre del intelectual cienfueguero Carlos Rafael Rodríguez, figura representativa de la provincia y reconocida nacional e internacionalmente por su vinculación con la política y la intelectualidad cubana.

En la actualidad la Universidad de Cienfuegos “Carlos Rafael rodríguez” esté conformada por siete facultades: Facultad de Ciencias Sociales, Facultad de Humanidades, Facultad de Ciencias Agrarias, Facultad de Educación, Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales, Facultad de Ciencias de la Cultura Física y el Deporte, Facultad de Ingeniería. 

La Universidad de Cienfuegos “Carlos Rafael Rodríguez”, dedicada a la formación integral continua de profesionales competentes y comprometidos con la Patria Socialista contribuye mediante el conocimiento y la innovación a la dinamización del desarrollo socioeconómico del territorio de Cienfuegos y de la sociedad cubana 

Somos una Universidad de Excelencia que:

• Promueve una cultura general integral acorde con los valores de la sociedad cubana.
• Ofrece profesionales líderes comprometidos con la transformación de la sociedad cubana.
• Exhibe una alta visibilidad de sus resultados científicos y de innovación.

Impacta en el desarrollo económico y social del territorio y la sociedad, satisfaciendo las necesidades de superación profesional y la implementación de resultados de investigación y la innovación